Identifikasi Marka Molekuler Sifat Toleran Salin pada Tanaman Padi

AISYA, Alwa Widi (2021) Identifikasi Marka Molekuler Sifat Toleran Salin pada Tanaman Padi. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

[img] PDF (Cover)
COVER-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf

Download (249kB)
[img] PDF (Legalitas)
LEGALITAS-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf
Restricted to Repository staff only

Download (719kB)
[img] PDF (Abstrak)
ABSTRAK-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf

Download (311kB)
[img] PDF (BabI)
BAB I-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf
Restricted to Repository staff only

Download (435kB)
[img] PDF (BabII)
BAB II-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf
Restricted to Repository staff only

Download (327kB)
[img] PDF (BabIII)
BAB III-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf
Restricted to Repository staff only

Download (523kB)
[img] PDF (BabIV)
BAB IV-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf
Restricted to Repository staff only

Download (408kB)
[img] PDF (BabV)
BAB V-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf
Restricted to Repository staff only

Download (192kB)
[img] PDF (DaftarPustaka)
DAFTAR PUSTAKA-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf

Download (523kB)
[img] PDF (Lampiran)
LAMPIRAN-Alwa Widi Aisya-A1D017063-Skripsi-2021.pdf
Restricted to Repository staff only

Download (589kB)

Abstract

Pemanfaatan lahan salin merupakan salah satu cara untuk meningkatkan hasil produksi beras di tengah kondisi luas lahan pertanian yang semakin menurun. Penggunaan varietas padi toleran salin adalah cara yang efektif untuk meningkatkan produksi beras di bawah paparan salinitas. Studi mengenai padi toleran salin semakin berkembang setelah penemuan lokus sifat kuantitatif/Quantitative Trait Loci (QTL). Quantitative Trait Loci yang signifikan mempengaruhi sifat toleran salin dapat diidentifikasi menggunakan marka molekuler. Marka yang digunakan untuk identifikasi atau verifikasi identitas genetik mengenai sifat toleran salin harus memiliki keterkaitan dengan sifat tersebut. Kegiatan penelitian ini bertujuan untuk mengetahui marka molekuler yang dapat membedakan varietas toleran salin dengan yang tidak toleran salin dan nilai Polymorphic Information Content untuk setiap marka yang digunakan. Penelitian telah dilaksanakan pada bulan September 2020 hingga Februari 2021 di Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Bioteknologi Fakultas Pertanian serta Laboratorium Riset Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto, Jawa Tengah. Marka molekuler yang diidentifikasi terdiri dari 9 marka SSR (RM 212, RM 222, RM 223, RM 224, RM 225, RM 3412, RM 342, RM 8094, RM 8264) dan 1 marka STS (Wn 11463). Varietas padi yang digunakan adalah Nona Bokra, Inpari Unsoed 79 Agritan, Cisadane, Atomita 2, Pelopor, Dendang, Lambur, Siak Raya, Unsoed Parimas, Inpago Unsoed 1, dan IR 29. Kontrol yang digunakan dalam proses skoring adalah varietas Nona Bokra yang merupakan varietas toleran salin. Data skoring dianalisis secara Principal Component Analysis Biplots (PCA Biplot) menggunakan XLSTAT 2020. Hasil skoring menunjukkan varietas Nona Bokra sebagai kontrol positif memiliki skor 1 dalam setiap marka yang digunakan. Varietas Inpari Unsoed 79 Agritan yang merupakan varietas toleran salin memiliki skor 1 pada marka RM 222, RM 225, RM 3412, dan Wn 11463. Varietas Atomita 2 yang juga merupakan varietas toleran salin memiliki skor 1 pada marka RM 224, RM 225, RM 8264, dan Wn 11463. Berdasarkan hasil tersebut, maka marka RM 225 dan Wn 11463 merupakan marka yang paling berpotensi besar dapat membedakan varietas toleran salin, karena pada marka tersebut varietas Nona Bokra, Inpari Unsoed 79 Agritan, dan Atomita 2 memiliki ukuran pita DNA yang sama namun berbeda ukuran dengan IR 29 yang merupakan kontrol negatif. Sementara itu, varietas IR 29 yang merupakan varietas peka terhadap kondisi salin hanya memiliki skor 1 pada marka RM 223. Hasil yang menunjukkan adanya kesamaan ukuran antara varietas IR 29 dengan Nona Bokra pada marka RM 223, mengindikasikan bahwa marka tersebut tidak ada kaitannya dengan sifat toleran salin. Nilai PIC dari marka RM 223, RM 3412, RM 342 adalah 0,56, 0,68, dan 0,53 yang tergolong sangat informatif, nilai PIC dari marka RM 212, RM 222, RM 224, RM 225, RM 8264, Wn 11463 adalah 0,47, 0,36, 0,32, 0,48, 0,36 dan 0,32 yang tergolong marka kelas sedang, serta RM 8094 dengan nilai PIC 0,15 tergolong dalam kelas rendah. Hasil analisis kemiripan antar vaerietas yang dilakukan dengan menggunakan PCA Biplot menunjukkan bahwa marka-marka yang digunakan dalam penelitian ini dapat mengelompokkan varietas dalam 4 grup. Cisadane, Unsoed Parimas, dan Siak Raya berada dalam satu grup yang dicirikan oleh RM 224. Ketiga varietas tersebut memiliki karakteristik yang sama berdasarkan sifat toleran terhadap kondisi cekaman salinitas, yaitu varietas yang tidak toleran salin. Varietas Lambur, Unsoed 1, dan Nona Bokra berada dalam satu grup yang dicirikan oleh marka RM 222, RM 342, RM 8264, RM 8094, dan RM 3412. Penggunaan varietas Nona Bokra sebagai kontrol positif menunjukkan bahwa varietas Lambur dan Unsoed 1 merupakan varietas toleran salin. Varietas Atomita 2 berada dalam satu grup dengan varietas Inpari Unsoed 79 Agritan yang dicirikan oleh marka RM 223, RM 212, Wn 11463, dan RM 225. Kedua varietas tersebut merupakan varietas yang memiliki sifat toleran salin. Varietas IR 29, Pelopor, dan Dendang berada dalam satu grup yang tidak dicirikan oleh suatu primer. Varietas IR 29, Pelopor, dan Dendang merupakan varietas yang memiliki karakteristik paling berbeda dengan Nona Bokra karena memiliki jarak terjauh dalam model hasil analisis. Penggunaan IR 29 sebagai kontrol negatif dan karakteristik ketiga varietas yang paling berbeda dengan Nona Bokra menunjukkan bahwa varietas Pelopor dan Dendang merupakan varietas yang tidak toleran salin. Berdasarkan model pengelompokkan yang terbentuk, secara umum varietas berhasil dikelompokkan sesuai dengan sifat ketahanannya terhadap kondisi salin. Marka yang memiliki nilai kontribusi tertinggi dalam pembentukan model pengelompokkan tersebut adalah marka RM 3412, RM 342, RM 8094, dan Wn 11463 sehingga keempat marka tersebut diindikasikan memiliki kemampuan dalam membedakan varietas padi berdasarkan sifat toleran salin. Berdasarkan pada hasil skoring, pengelompokkan varietas yang dicirikan oleh suatu marka, dan besar kontribusi marka dalam membentuk model pengelompokkan maka marka yang dapat membedakan varietas toleran salin adalah RM 225, RM 3412, RM 342, RM 8094, dan Wn 11463.

Item Type: Thesis (Skripsi)
Nomor Inventaris: A21144
Uncontrolled Keywords: SSR (Simple Sequence Repeat), STS (Single Tagged Sequence), gen toleran salin, PCA (Principal Component Analysis), Oryza sativa
Subjects: D > D238 DNA
G > G64 Genetics
P > P329 Plants Analysis
Divisions: Fakultas Pertanian > S1 Agroteknologi
Depositing User: Mrs Alwa Widi Aisya
Date Deposited: 02 Aug 2021 08:10
Last Modified: 02 Aug 2021 08:10
URI: http://repository.unsoed.ac.id/id/eprint/10355

Actions (login required)

View Item View Item

Downloads

Downloads per month over past year