UTAMI, Prasetyarti (2021) Karakter Morfologi dan Molekuler Ektoparasit Caplak Ixodes Cordifer pada Kuskus Asal Maluku. Doctoral thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER.pdf Download (24kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-utami.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)
	PDF (Abstrak) RINGKASAN-utami.pdf Download (193kB)
	PDF (BabI) babI-utami.pdf Restricted to Repository staff only Download (195kB)
	PDF (BabII) BABII-utami.pdf Restricted to Repository staff only Download (846kB)
	PDF (BabIII) BABIII-utami.pdf Restricted to Repository staff only Download (208kB)
	PDF (BabIV) BABIV-utami.pdf Restricted to Repository staff only Download (390kB)
	PDF (BabV) BABV-utami.pdf Restricted to Repository staff only Download (3MB)
	PDF (BabVI) BABVI-utami.pdf Restricted to Repository staff only Download (140kB)
	PDF (DaftarPustaka) REFERENSI-utami.pdf Download (275kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-utami.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)

Abstract

Salah satu satwa liar endemik di Indonesia yang harus dilindungi dan diselamatkan baik jumlah maupun jenisnya adalah kuskus. Ektoparasit pada kuskus adalah infestasi caplak Ixodes. Caplak adalah ektoparasit pengisap darah pada mamalia ataupun hewan lain. Secara langsung menyebabkan kehilangan darah dan iritasi kulit dsecara tidak langsung dapat menyebarkan penyakit bakteri, virus dan protozoa. Metode konvensional identifikasi caplak, sering kali tidak mudah diterapkan. Kendala yang sering ditemui adalah: proses koleksi dan penanganan sampel yang merusak struktur caplak, tidak nampaknya struktur permukaan tubuh pada betina yang kenyang darah, adanya kemiripan antar spesies (kriptik spesies) serta minimnya perbedaan morfologi stadium-stadium yang ada dalam daur siklus hidupnya. Sangat minimnya penelitian caplak pada kuskus mengakibatkan pentingnya informasi mengenai ektoparasit ini. Identifikasi dan penentuan hubungan filogenetik spesies memerlukan integrase pendekatan morfologi. Pengukuran karakter morfometrik dan pengamatan ultra struktur morfologi menggunakan Scanning Electron Microscopic (SEM) telah banyak digunakan untuk mengetahui karakter morfologi dari beberapa spesies yang berbeda, dan atau spesies yang sama dari populasi yang berbeda. Penggunaan marka genetik DNA ribosomal pada regionn Internal Transcribed Spacer (ITS2) dan sekuen gen 16S rRNA memiliki tingkat keberhasilan yang tinggi untuk analisis kekerabatan spesies dan asal usul spesies pada organisme tingkat tinggi maupun rendah. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) menganalisis infestasi Ixodes cordifer pada kuskus pulau Ambon, Wetar, Seram dan Romang, (2) mengkaji karakter morfologi I. cordifer berdasarkan pengamatan morfometrik dan gambaran ultra struktur, dan (3) mengkaji karakter molekuler I. cordifer yang dilakukan untuk mengetahui keragaman dan kekerabatan genetik berdasarkan urutan basa nukleotida penyusun sekuen ITS2 dan gen 16s rRNA. Koleksi caplak diperoleh dari jenis kuskus putih, kuskus cokelat, kuskus totol, dan kuskus kelabu. Komponen morfologi yang diamati berdasarkan pengamatan morfometrik dan gambaran morfologi ultrastruktur dan urutan sekuen DNA. Data morfometrik dan gambaran morfologi ultrastruktur dianalisis secara deskriptif. Selanjutnya dilakukan isolasi deoxyribonucleic acid (DNA), amplifikasi dengan dengan menggunakan program MEGA versi X. Jarak genetik dianalisis menggunakan Kimura 2 parameter, dan konstruksi filogenetik dilakukan menggunakan metode Neighbor Joining dengan bootstrap 1000x. Hasil pengamatan infestasi caplak I. cordifer yang ditemukan pada tubuh kuskus di pulau Ambon, Wetar, Seram, dan Romang menunjukkan bahwa tidak semua kuskus yang berhasil tertangkap terinfestasi caplak I. cordifer. Hal ini menunjukkan bahwa tingkat infestasi I. cordifer pada kuskus memiliki tingkat infestasi yang rendah. Hasil pengamatan infestasi caplak I. cordifer yang ditemukan pada kuskus asal Maluku menunjukkan bahwa caplak I. cordifer yang berhasil dikoleksi memiliki intensitas rata-rata 1,06%. Kisaran intensitas rata-rata Ixodes yang ditemukan pada kelompok marsupial asal Maluku maupun Australia relatif sama. Hal ini menunjukkan bahwa caplak I. cordifer yang ditemukan pada kuskus baik di Pulau Ambon, Wetar, Seram dan Romang sangat berkaitan dengan biologi kuskus pada saat mencari makan maupun beraktivitas pada malam hari.Prevalensi kuskus asal pulau di Maluku yang terinfestasi I. cordifer antara 14,28 % sampai dengan 16,67 %. Kisaran prevalensi masing-masing xv pulau yang diteliti menunjukkan prevalensi dengan kisaran relatisama. Hal ini berkaitan dengan kesamaan tipe habitat dan perilaku. Berdasarkan karakter morfologi, terdapat satu jenis yaitu I. cordifer yang terdiri dari I. cordifer jantan dan betina. Sebanyak 20 individu I. cordifer yang ditemukan, diketahui terdapat 2 I. cordifer jantan dan 18 I. cordifer betina. Secara morfologi I. cordifer yang ditemukan memiliki ciri-ciri yaitu: tidak memiliki mata, mempunyai struktur skutum yang keras, tidak memiliki feston, memiliki hypostome dan memiliki struktur celicerae yang panjang. Spesies Ixodes yang ditemukan pada penelitian ini juga memiliki spurs pada bagian coxa I-IV, memiliki pregenital plate antara coxa II dan memiliki susunan gigi 2:2. Kunci determinasi ini menunjukkan bahwa anggota Ixodes yang ditemukan adalah spesies I. cordifer. I. cordifer jantan memiliki tubuh berbentuk oval memanjang, dengan skutum menutupi seluruh bagian dorsal, sedangkan I. cordifer betina berbentuk oval besar dengan skutum menutupi hanya sebagian anterior dorsalnya. I. cordifer betina dapat mengalami perbesaran ketika kenyang darah. Ukuran morfometrik I. cordifer jantan lebih kecil dibandingkan I. cordifer betina. Ukuran panjang tubuh I. cordifer jantan yang ditemukan pada kuskus Maluku berkisar (3-3,2 µm), sedangkan lebarnya berkisar (1,93-2 µm). Ukuran panjang tubuh I. cordifer betina yang ditemukan pada kuskus Maluku berkisar (3,11-10 µm), sedangkan lebarnya berkisar (1,8-8 µm). Analisis morfometrik digunakan untuk mendeskripsikan bagian struktur tubuh caplak secara detail dan pengelompokkan persamaan dan perbedaan antar spesies caplak. Berdasarkan hasil analisis runutan nukleotida region ITS2 pada sampel Ixodes asal Maluku, menunjukkan bahwa jarak genetik berdasarkan region ITS2 antar spesies lebih tinggi dibandingkan dengan gen 16S rRNA. Nukleotida sampel Ixodes berdasarkan region ITS2 memiliki komponen G+C lebih banyak dibandingkan komponen A+T. Nukleotida sampel Ixodes berdasarkan gen 16S rRNA komponen A+T lebih banyak dibandingkan dengan komponen G+C. Jarak genetik berdasarkan region ITS2 pada spesies yang sama menunjukkan jarak terkecil sebesar 0%, sedangkan jarak genetik antar spesies mampu membedakan hingga 151%. Region ITS2 mampu membedakan antar spesies dengan parameter nilai jarak genetik terbesar. Komposisi nukleotida Ixodes berdasarkan region ITS2 menunjukkan bahwa komponen G+C lebih besar dibandingkan A+T. Analisis karakter Gen 16S rRNA pada spesies Ixodes asal Maluku menunjukkan bahwa gen 16S rRNA mampu membedakan antar spesies Ixodes pada level nukleotida maupun jarak genetik. Gen 16S rRNA dapat mengungkapkan variasi intraspesifik diantara Ixodes yang ditemukan di Pulau Ambon, Romang, Wetar dan Seram. Analisis jarak genetik sekuen sekuen ITS2 antara sampel Ixodes asal Maluku tidak memiliki perbedaan sebesar 0%, sedangkan jarak genetik sekuen gen 16S rRNA antara sampel Ixodes asal Maluku memiliki jarak genetik berkisar 0,002 (0,2%) sampai 0,005 (0,5%). Hal ini menunjukkan bahwa sekuen gen Ixodes asal Maluku merupakan satu spesies yang termasuk dalam spesies I. cordifer. Berdasarkan karakter morfologi Ixodes yang ditemukan pada kuskus asal Maluku adalah I. cordifer. Hasil BLAST maupun analisis filogenetik, menunjukkan bahwa Ixodes yang ditemukan memiliki kekerabatan dengan I. holocyclus. Karakter molekuler Ixodes yang ditemukan pada kuskus asal Maluku menunjukkan bahwa sekuen Ixodes asal Maluku setelah dianalisis, merupakan spesies Ixodes yang belum pernah dilaporkan sebelumnya. Fakta penelitian ini membuktikan bahwa spesies Ixodes asal Maluku merupakan spesies Ixodes cordifer berdasarkan karakter yang dideskripsikan oleh Neuman (1908) dan Schuzle (1935). Fakta membuktikan bahwa xvi tidak ditemukan data molekuler sekuen ITS2 dan 16S rRNA di database Genbank untuk spesies I. cordifer, hal ini berdampak pada proses rekonstruksi filogentik dan analisis kekerabatan genetik spesies ini, sehingga berdasarkan hasil BLAST terhadap sekuen ITS2 maupun 16S rRNA spesies Ixodes asal Maluku menunjukkan memiliki kekerabatan yang paling dekat dengan I. holocyclus asal Australia. Penelitian karakter morfologi dan molekuler caplak I. cordifer yang menginfestasi pada kuskus dapat menjadi data dasar yang mendukung kesuksesan usaha preventif terhadap kemungkinan munculnya infeksi patogen pada kuskus yang disebabkan melalui vektor caplak. Hal ini menjadi salah satu strategi pelestarian kuskus dan pemanfaatannya akan lebih terarah dan berhasil guna apabila status ektoparasit caplak pada satwa ini dapat diketahui dengan pasti.

Actions (login required)

View Item