PRASETIA, Rinanda Gandhi Ningrum (2021) Identifikasi Marka Mikrosatelit dan Metabolomik Penanda Toleran Salin pada Tanaman Padi (Oryza sativa L.). Masters thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Download (616kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Download (629kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Restricted to Repository staff only Download (570kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Restricted to Repository staff only Download (728kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Restricted to Repository staff only Download (646kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)
	PDF (BabV) BAB-V-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Restricted to Repository staff only Download (622kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Download (661kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Rinanda Gandhi Ningrum Prasetia-P2C019001-Tesis-2022.pdf Restricted to Repository staff only Download (879kB)

Abstract

Salinitas termasuk stres abiotik yang merupakan satu dari beberapa kendala dalam dunia pertanian. Salinitas yang tinggi mempengaruhi tekanan osmosis, keseimbangan hara dalam tanaman sehingga dapat menghambat produksi tanaman. Penggunaan varietas padi tahan salin dapat menjadi alternatif untuk meningkatkan produksi tanaman. Varietas Padi Inpari Unsoed 79 Agritan merupakan padi yang mempunyai sifat toleran terhadap salinitas pada fase bibit dengan cekaman 12 dS/m. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi marka mikrosatelit penanda toleran salin yang terdapat pada genotip Inpari Unsoed 79 Agritan, menganalisis hubungan kekerabatan antara sebelas genotip padi, dan mengetahui apakah metabolit tertentu dapat menjadi penciri profil tanaman padi toleran salin. Varietas padi yang diteliti adalah Inpari Unsoed 79 Agritan, Nona Bokra (kontrol tahan salin), IR 29 (kontrol peka salin), Cisadane, Atomita 2, Pelopor, Dendang, Lambur, Siak Raya, Unsoed 1, dan Unsoed Parimas. Sepuluh primer marka mikrosatelit yang digunakan yaitu RM 129, RM 156, RM 241, RM 292, RM 336, RM 493, RM 515, RM 519, RM 528, dan RM 1287. Pelaksanaan penelitian terdiri dari dua tahap, yaitu identifikasi marka mikrosatelit dan identifikasi metabolomik. Identifikasi marka mikrosatelit melalui tahapan ekstraksi DNA metode CTAB, kuantifikasi DNA dan kualifikasi DNA, amplifikasi DNA dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer mikrosatelit, dan analisis data (skoring, Principal Component Analysis (PCA), dan filogenetik). Identifikasi metabolomik melalui tahapan esktraksi metabolit, derivatisasi dan analisis menggunakan instrument Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS). Hasil penelitian menunjukkan bahwa PCR menggunakan primer RM 241, RM 515, RM 519, dan RM 528 dapat membedakan genotip Inpari Unsoed 79 Agritan dengan genotip IR 29. Primer RM 129 dan RM 292 dapat digunakan sebagai penanda Nona Bokra yang dapat membedakan dengan sepuluh genotip lainnya. Primer RM 129 dan RM 292 juga dapat digunakan sebagai penanda molekuler ketahanan terhadap salinitas tinggi. Analisis hubungan kekerabatan pada sebelas genotip padi menghasilkan empat kluster. Kluster pertama terdiri atas genotip Nona Bokra. Kluster kedua terdiri atas genotip Inpari Unsoed 79 Agritan, Cisadane, Pelopor, Atomita 2, dan Dendang. Kluster ketiga terdiri atas genotip Lambur, Siak Raya, Unsoed Parimas, dan Unsoed 1. Kluster keempat terdiri atas genotip IR 29. Senyawa metabolit β-alanine trimethylsilyl ester yang terdapat pada genotip Inpari Unsoed 79 Agritan dan Atomita 2 adalah senyawa derivatif dari β-alanin yang berpengaruh dalam toleransi salinitas. β-Alanin sebagai precursor β-alanin betain dapat berfungsi sebagai osmoprotektan.

Actions (login required)

View Item