MAHENDRA, Dhany Hilmy (2023) Morphological and Molecular Barcoding of Ornamental Vampire Crab Geosesarma (Crustacea) from Cilacap. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Download (52kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (364kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Download (177kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (118kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (372kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (700kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)
	PDF (BabV) BAB-V-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Download (93kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Download (192kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Dhany Hilmy Mahendra-B1B019009-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (977kB)

Abstract

Potamidae, Sesarmidae, dan Gecarcinucidae adalah tiga famili kepiting air tawar yang terdapat di Indonesia. Saat ini ada 12 spesies yang dikenal sebagai Geosesarma dari Jawa yaitu G. bicolor, G. cikaniki, G. confertum, G. dennerle, G. garutense, G. hagen, G. lebak, G. noduliferum, G. robustum, G. rouxi , G.sekop, dan G.sukabumi. Teknik molekuler telah terbukti berguna untuk mendeteksi banyak spesies non-asli dan mengidentifikasi perdagangan hewan peliharaan taksa terancam yang sedang berlangsung. Ambang empiris yang umum digunakan untuk delimitasi spesies gen COI berbasis ambang meliputi 1%, 2%, 2,2%, dan 3%. Ambang kesamaan urutan yang digunakan untuk RNA 16s adalah (97%, 98%, 99%). Tujuan dari penelitian ini adalah membuat library barcode DNA kepiting hias Indonesia khususnya Geosesarma dennerle dan G. hagen dengan cara membandingkan spesimen tangkapan alam vs perdagangan komersial, mencari variasi antar sampel yang diperoleh dengan melihat morfologi dan morfometriknya serta menemukan keragaman genetik Geosesarma dennerle dan G. hagen. Metode yang digunakan meliputi pengambilan sampel taksonomi, ekstraksi DNA, amplifikasi PCR, dan pengurutan dan identifikasi morfologi. Analisis yang digunakan meliputi DNA library, analisis morfometrik, analisis filogenetik dan keragaman genetic. Geosesarma dennerle dan G. hagen memiliki karakteristik yang mirip berdasarkan karapas persegi, gigi orbit luar yang besar, segitiga, melengkung ke luar, ujung melampaui karapas lateral dan spesies air tawar sepenuhnya, tetapi mereka dapat dibedakan dengan variasi warna pada karapas. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai Asymp. sig pada tabel uji Mann-Whitney U adalah 0,988. Berdasarkan hipotesis (0,988 > 0,05), hasil tersebut menggambarkan bahwa tidak terdapat perbedaan morfometrik yang signifikan antara Geosesarma dennerle dan G. hagen. Ini berarti bahwa perbedaan antara kedua kelompok mungkin hanya kebetulan atau tidak signifikan secara statistik. Pustaka urutan 948 bp untuk COI dan 423 bp untuk 16s RNA telah dibangun di Barcode of Life Datasystem (BOLD) yang menghasilkan BIN (Barcode Index Number) BOLD:AFF8991 untuk outgroup dan BOLD:AFF5248 untuk Geosesarma hagen, dan BOLD:AFF6306, BOLD:AFF6307, dan juga memiliki BOLD:AFF6308 untuk Geosesarma dennerle dalam Sistem BOLD, dan disimpan di Genbank National Center of Biotechnology Information (NCBI) dengan nomor tambahan OR147199- OR147215 untuk COI dan OR257785-OR257801 untuk 16s RNA . Referensi gen COI G. dennerle dan G. hagen tidak tersedia di GenBank dan juga gen 16s RNA dari G. dennerle. Namun, urutan RNA 16s untuk G. hagen dari tangkapan alam, seperti BIC-0552, BIC-0553, BIC-0554, BIC-0555, dan BIC-0556, memiliki identitas berpasangan sekitar 99,6%, 99,6%, 99,4%, 99,6%, dan 99,6%, masing-masing. Sementara itu, sampel perdagangan G. hagen, BIC-0565, memiliki identitas berpasangan sebesar 99,6% dibandingkan dengan G. hagen pada GenBank untuk gen RNA 16s. Pohon filogenetik menunjukkan dua perbedaan clade antara Geosesarma hagen dan G. dennerle, dengan nilai bootstrap pendukung di atas 70. Hasil analisis jarak genetik gen COI menggunakan software MEGA11 dilakukan dengan bootstrap 1000 ulangan. Ambang batas jarak genetik antara Geosesarma dennerle dan G. hagen adalah sebesar 1,8%, sedangkan Geosesarma sp.1 (BIC-0562) memiliki rentang yang relatif lebih besar sekitar 17,4-18,5% dibandingkan dengan G. hagen dan sekitar 17,6-19,8% dibandingkan dengan G. dennerle, sedangkan Geosesarma sp.2 (BIC-0566) memiliki rentang jarak genetik yang lebih rendah masing-masing sekitar 2,8-3,4% dan 2,5-18,1% untuk Geosesarma hagen dan G. dennerle. Untuk 2 Geosesarma hagen, keragaman haplotipe (Hd) diperoleh sebesar 1,00000 dan keragaman nukleotida sekitar 0,00400, sedangkan untuk G. dennerle berturut-turut 0,97222 dan 0,03720. Untuk nilai keseluruhan diperoleh nilai 0,99048 untuk keragaman haplotype dan 0,02986

Actions (login required)

View Item