BRITTO, Johanes De (2023) Kajian Genetika Populasi Capitulum mitella (Crustacea : Cirripedia) di Perairan Maluku, Indonesia. Masters thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Download (58kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (631kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Download (174kB)
	PDF (BabI) BAB I-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (57kB)
	PDF (babII) BAB II-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (179kB)
	PDF (BabIII) BAB III-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (383kB)
	PDF (BabIV) BAB IV-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (685kB)
	PDF (BabV) BAB V-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Download (33kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Download (110kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Johanes De Britto-B2A021001-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (107kB)

Abstract

Persebaran dan konektivitas populasi C. mitella di Indonesia, khususnya di Kepulauan Maluku, belum banyak dilaporkan sehingga perlu dilakukan penelitian untuk mendukung ketersediaan data genetik yang dibutuhkan untuk pengembangan penelitian selanjutnya. Pendekatan secara molekuler diperlukan pada studi konektivitas populasi untuk menghindari bias faktor lingkungan. Salah satu marka molekuler yang biasa digunakan dalam studi genetika populasi hewan adalah sitokrom oksidase I (COI). Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan pada populasi C. mitella di Kepulauan Maluku menggunakan marka COI dengan tujuan untuk mengetahui (1) keanekaragaman genetik C. mitella, (2) ada tidaknya hubungan antara jarak genetik dan jarak geografis populasi C. mitella, (3) filogeografi populasi C. mitella, Penelitian dilakukan di Laboratorium Biosistematika dan Evolusi Badan Riset dan Inovasi Nasional selama empat bulan, dari bulan Januari 2023 hingga April 2023. Sampel C. mitella diambil secara acak dari enam lokasi yaitu Saparua, Morella, Tawiri, Dermaga Liang, Wakasihu, dan Pantai Akarica Ternate. Secara garis besar, prosedur penelitian terdiri atas ekstraksi DNA genomik menggunakan Qiagen Blood and Tissue Kit serta amplifikasi dan sekuensing marka COI. Marka COI mengunakan sepasang primer universal, yaitu FSrCOI (5’- CAG CAA TAG TTG GGA CAG CTC -3’) dan RSrCOI (5’- CTC CGG CTA AAA CTG GTA AGG -3’). Sekuensing marka COI dilakukan dengan metode dideoksi Sanger yang diotomasi dengan pelabelan pada terminator. Data sekuen amplikon disunting menggunakan Program Bioedit versi 7.0.4.1, yang disertai dengan pemeriksaan manual. Analisis penjajaran sekuen dilakukan menggunakan Program Clustal W, yang juga diimplementasikan dalam Bioedit versi 7.0.4.1. Nilai keanekaragaman haplotipe (h) dan keanekaragaman nukleotida (π) digunakan sebagai parameter keanekaragaman genetik. Analisis konektivitas populasi C. mitella dilakukan menggunakan AMOVA (Analysis of molecular variance). Pohon filogenetik dikonstruksi menggunakan analisis Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, dan Maximum Evolution menggunakan aplikasi MEGA 5.0. Jaringan haplotipe C. mitella dibuat menggunakan piranti lunak Network 5.0.0.3. Ada tidaknya tekanan seleksi terhadap populasi C. mitella dianalisis menggunakan uji netralitas Fs Fu dan D Tajima. Penghitungan nilai h dan π, AMOVA, serta uji netralitas Fs Fu dan D Tajima dilakukan menggunakan Program Arlequin versi 3.5. Hasil penelitian menunjukkan nilai diversitas haplotipe dari 18 sampel yang di dapat sebesar 1 pada seluruh sampel, kecuali pada sampel Saparua sebesar 0.67. Sementara itu, nilai diversitas nukleotida pada semua sampel lebih kecil dari 0.5. Nilai indeks fiksasi (Fst) tertinggi diperoleh antara Ternate dan Saparua, yakni sebesar 0.31081. Secara keseluruhan didapatkan nilai Fst yang rendah. Pohon filogeni yang terbentuk menunjukkan perbedaan klade populasi Perairan Maluku dari populasi Cina, Taiwan, dan Korea. Berdasarkan hasil penelitian tersebut dapat disimpulkan bahwa terdapat hubungan kekerabatan genetik yang dekat di antara haplotipe-haplotipe yang ditemukan, tidak ada hubungan antara jarak genetik dan jarak geografis pada populasi C. mitella di Perairan Maluku karena adanya konektivitas yang tinggi di antara semua lokasi pengambilan sampel, dan populasi C. mitella di Perairan Maluku tidak memiliki hubungan evolusi dengan populasi C. mitella di Cina, Taiwan, dan Korea.

Actions (login required)

View Item