FITRI, Safira (2023) Pengaruh Suhu Pretreatment Pada Metode Ekstraksi Mycobacterium tuberculosis Terhadap Kualitas DNA Untuk Pemeriksaan Whole Genome Sequencing. Skripsi thesis, Univeritas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Download (58kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (428kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Download (107kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only until 15 August 2024. Download (106kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only until 15 August 2024. Download (62kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only until 15 August 2024. Download (171kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (192kB)
	PDF (BabV) BAB-V-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Download (41kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Download (182kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Safira Fitri-B1A019002-Skripsi-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (721kB)

Abstract

Penyakit TB merupakan salah satu jenis penyakit menular yang disebabkan oleh bakteri M. tuberculosis. Pemanfaatan data genom M. tuberculosis hasil dari sekuensing digunakan untuk pengobatan yang presisi serta peningkatan perawatan yang efektif. Ekstraksi adalah langkah awal yang penting dalam penelitian molekuler untuk mendapatkan isolat DNA. Isolat yang diekstrak diharapkan mempunyai kemurnian dan konsentrasi yang tinggi. Saat ini salah satu kajian molekuler yang berkembang pesat adalah WGS atau penentuan urutan genom DNA dari suatu organisme. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh suhu pretreatment pada metode ekstraksi M. tuberculosis terhadap kualitas DNA untuk pemeriksaan WGS. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biomolekuler, RSPI Prof. Dr. Sulianti Soroso, Jakarta dari Januari sampai dengan Juni 2023. Desain penelitian ini adalah deskriptif analitis dengan metode ekstraksi berbasis kit dari ExiPrepTM Dx Myobacteria Genomic DNA Kit (K-4418), Bioneer. Penelitian ini terdiri atasvariabel bebas dan terikat. Variabel bebas adalah pretreatment yang dilakukan dengan pemanasan dan tanpa pemanasan. Variabel terikat adalah kualitas DNA yang meliputi kemurnian, konsentrasi, dan integritas DNA bakteri M. tuberculosis. Parameter yang diamati adalah kemurnian, konsentrasi, dan integritas DNA. Data hasil penelitian yang telah diperoleh dianalisis dengan SPSS menggunakan Uji Wilcoxon karena data tidak terdistribusi normal. Analisis statistik dengan Uji Wilcoxon ini dilakukan dengan menggunakan tingkat signifikansi sebesar 0,05 (α=5%). Hasil penelitian ini adalah kemurnian DNA tidak berbeda (nilai p=0,959) antara perlakuan pretreatment pemanasan 95oC (2,88) dengan tanpa pemanasan 95oC (2,46). Konsentrasi DNA tidak berbeda (nilai p= 0,111) antara perlakuan pretreatment pemanasan 95oC (0,416 ng/µL) dengan tanpa pemanasan 95oC (0,653 ng/µL). Hasil konsentrasi DNA yang relatif rendah menyebabkan pita DNA tidak tervisualisasi pada elektroforesis gel agarosa (0,8%). Oleh karena itu, perlakuan pretreatment 95oC tidak berpengaruh terhadap kemurnian dan konsentrasi DNA M. tuberculosis. Hasil penelitian ini akan dilanjutkan ke tahap sekuensing (WGS), karena protokol WGS dengan kit Ilumina yang memberikan toleransi kemurnian DNA berkisar 1,6-2,2 dan konsentrasi DNA sebesar 0,03 ng/µL. Kata kunci: ekstraksi DNA, kualitas DNA, M.tuberculosis, pretreatment suhu, WGS

Actions (login required)

View Item