MAKRIMA, Dewi Basthika (2023) Genetika Populasi Rumput Laut Caulerpa racemosa J. Agardh dari Perairan Laut Jepara berdasarkan Sekuen Gen tufA. Masters thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Download (194kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (567kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Download (377kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only until 8 January 2025. Download (403kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only until 8 January 2025. Download (352kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only until 8 January 2025. Download (459kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (716kB)
	PDF (BabV) BAB-V-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Download (179kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Download (337kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Dewi Basthika Makrima-B2A021008-Tesis-2023.pdf Restricted to Repository staff only Download (919kB)

Abstract

Caulerpa racemosa J. Agardh banyak ditemukan di perairan Laut Jepara, Jawa Tengah. Analisis keanekaragaman genetik spesies rumput laut hijau ini dapat dilakukan menggunakan teknik molekuler. Salah satu marka molekuler yang dapat digunakan adalah sekuen gen tufA yang terdapat di dalam genom kloroplas atau cpDNA. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui keanekaragaman genetik, jarak genetik di antara haplotipe-haplotipe yang ada, dan pengaruh tekanan seleksi terhadap populasi C. racemosa di Perairan Laut Jepara berdasarkan gen tufA. Penelitian ini dilakukan dari bulan Oktober 2022 sampai Januari 2023 di Laboratorium Genetika dan Molekuler Genetika Science, Tangerang. Tahapan penelitian meliputi pengambilan sampel C. racemosa, isolasi DNA genomik, amplifikasi gen tufA, sekuensing gen tufA, dan analisis data. Pengambilan sampel dilakukan pada dua lokasi, yaitu Teluk Awur dan Pulau Panjang Jepara, Jawa Tengah. Isolasi DNA genomik dilakukan dengan kit isolasi Quick-DNA Plant/Seed Miniprep Kit (Zymo Research, D6020), sedangkan amplifikasi gen tufA dilakukan menggunakan mesin thermocycler advanced primus 25 dengan primer universal 5’ -TGAAACAGAAMAWCGTCATTATGC- 3’ sebagai forward primer dan 5’ -CCTTCNCGAATMGCRAAWCGC- 3’ sebagai reverse primer. Sekuensing gen tufA dilakukan dengan metode Sanger yang diautomatisasi di Firstbase Malaysia. Urutan basa hasil sekuensing dianalisis menggunakan Program DNASP untuk mengetahui keanekaragaman haplotipe dan keanekaragaman nukleotida, Program Mega 11 untuk melakukan konstruksi filogenetik, dan Program Arlequin untuk menguji ada tidaknya pengaruh tekanan seleksi terhadap populasi C. racemosa berdasarkan uji netralitas Fs. Hasil penelitian menunjukkan adanya dua haplotipe C. racemosa di Perairan Laut Jepara. Keanekaragaman genetik populasi C. racemosa di Perairan Laut Jepara termasuk rendah, yang diindikasikan dari nilai keanekaragaman haplotipe yang berkisar dari 0,00 hingga 0,22 dan keanekaragaman nukleotida yang berkisar dari 0,000 hingga 0,007. Ditemukan dua haplotipe dengan jarak genetik sebesar 0,000 menunjukkan tidak adanya perbedaan genetik yang signifikan di antara kedua haplotipe. Hasil analisis pohon filogenetik dengan kladogram menggunakan metode neighbor-joining membentuk 3 kelompok in group dan 1 out group. Uji netralitas D dan Fu’s Fs menghasilkan nilai D = -1,97415 dan Fu’s Fs = 7,82672 Berdasarkan hasil penelitian tersebut dapat ditarik kesimpulan bahwa keanekaragaman genetik C. racemosa di Perairan Laut Jepara sangat rendah jika dilihat dari gen tufA, terdapat jarak genetik yang sangat rendah di antara kedua haplotipe yag ditemukan, dan terjadi tekanan seleksi pada populasi tersebut.

Actions (login required)

View Item