PRAYITNO, Herawati (2024) Identifikasi Molekuler Bakteri Asam Laktat asal Sedimen Mangrove Pantai Logending Kebumen berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Download (54kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only Download (673kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Download (167kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only until 28 August 2025. Download (48kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only until 28 August 2025. Download (181kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only until 28 August 2025. Download (267kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only Download (356kB)
	PDF (BabV) BAB-V-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Download (39kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Download (166kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Herawati Prayitno-B1A018118-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only Download (488kB)

Abstract

Bakteri asam laktat (BAL) merupakan kelompok bakteri yang mampu memfermentasikan karbohidrat menjadi asam laktat dan diketahui memiliki manfaat di bidang pangan maupun kesehatan. Isolat BAL telah diisolasi dari lingkungan sedimen mangrove di Pantai Logending. Karakterisasi secara fenetik terhadap isolat BAL belum mampu mengidentifikasi sampai dengan tingkat spesies. Salah satu pendekatan identifikasi adalah menggunakan pendekatan genotipik yaitu analisis sekuen gen 16S rRNA. Identifikasi molekuler menggunakan 16S rRNA memiliki akurasi tinggi dalam menentukan taksonomi suatu bakteri. Sekuens rRNA khususnya 16S rRNA menjadi acuan utama dalam studi evolusi dan ekologi bakteri, termasuk determinasi hubungan filogenetik di antara taxa, eksplorasi keanekaragaman bakteri di lingkungan dan kuantifikasi kelimpahan relatif taksa dari berbagai tingkatan. Identifikasi bakteri berdasarkan marka 16S rRNA memerlukan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Tujuan penelitian kali ini adalah untuk mengetahui identitas dari bakteri asam laktat yang diisolasi dari sedimen mangrove Pantai Logending dan hubungan filogenetiknya. Penelitian dilakukan dengan metode survei. Tahapan kerja terdiri atas isolasi DNA, konfirmasi isolat BAL (penanaman pada medium MRSA+CaCO3, pewarnaan gram, uji katalase-oksidase dan pewarnaan endospora), amplifikasi gen 16S rRNA dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer universal 27F dan 1492R, sekuensing hasil PCR, analisis hasil sekuensing menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Paramater yang diamati adalah ukuran dan urutan nukleotida sekuen gen 16Sr RNA, persentase kemiripan urutan basa nukleotida pada bakteri. Data hasil BLAST dianalisis kemiripan dengan data yang ada di GenBank dan hubungan filogenetiknya menggunakan metode UPGMA, Neighbour joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood. Hasil penelitian didapatkan tiga isolat terpilih dan teridentifikasi hingga tingkat spesies yaitu LG 3 memiliki kemiripan dengan Bacillus aerius strain 24 K sebesar 100%, isolat LG-15 memiliki kemiripan dengan Bacillus cereus sebesar 99,80% isolat LG-71 memiliki kemiripan dengan Bacillus tropicus strain MCCC 1A01406 sebesar 99,24% serta dua isolat lain hanya mampu teridentifikasi hingga tingkat spesies yaitu isolat LG-17 memiliki kemiripan dengan Bacillus wiedmanni strain FSL W8-0169 sebesar 98,80%, isolat LG-114 memiliki kemiripan dengan Bacillus tropicus strain MCCC 1A01406 sebesar 98,41%. Adapun kekerabatan masing-masing isolat Bacillus tropicus strain MCC 1A01406, Bacillus cereus ATCC14579 dan Bacillus tropicus strain MCCC berada pada satu klade yang berarti menandakan bahwa spesies tersebut merupakan spesies yang sangat mirip. Bakteri Bacillus aereus strain 24K memiliki kekerabatan yang cukup jauh dengan dua isolat pembanding yaitu Leunostoc lactis dan Ligilactobacillus salivarus. Sedangkan Bacillus wiedmannii strain FSL w8-0169 menjadi outgroup dari semua isolat sampel yang diuji Kata kunci: Bakteri Asam Laktat (BAL), identifikasi genotipik, pohon filogenetik, sekuen gen 16S rRNA

Actions (login required)

View Item