ALFONS, Kenezia Paulina (2025) Optimization of Nanopore Sequencing for Detecting HIV Genomes using Plasma with Viral Loads Below 10,000 Copies/mL. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Download (154kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Restricted to Repository staff only Download (995kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Download (227kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Restricted to Repository staff only until 28 July 2026. Download (252kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Restricted to Repository staff only until 28 July 2026. Download (264kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Restricted to Repository staff only until 28 July 2026. Download (279kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Restricted to Repository staff only Download (409kB)
	PDF (BabV) BAB-V-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Download (184kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Download (248kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Kenezia Paulina Alfons-B1B021012-Bachelor Thesis-2025.pdf.pdf Restricted to Repository staff only Download (420kB)

Abstract

Human Immunodeficiency Virus (HIV) menimbulkan tantangan berkelanjutan dalam pengobatan karena variabilitas genetiknya yang tinggi dan munculnya resistensi obat, terutama pada kasus dengan viral load (LVL) rendah di bawah 10.000 kopi/mL. Deteksi dini dan akurat mutasi resistensi pada kasus tersebut sangat penting tetapi secara teknis masih sulit. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kelayakan dan akurasi sekuensing Nanopore dalam mendeteksi mutasi resistensi obat HIV pada sampel plasma LVL. Secara khusus, penelitian ini bertujuan untuk (1) menilai kemampuan Nanopore dalam mengidentifikasi resistensi, (2) mengukur akurasi langkah amplifikasi RT-PCR dan nested PCR, dan (3) menentukan apakah sekuensing Nanopore memberikan hasil yang andal meskipun kualitas inputnya berkurang. Sepuluh sampel plasma HIV-1-positif dengan viral load di bawah 10.000 kopi/mL dikumpulkan di RSPI Sulianti Saroso menggunakan purposive sampling. Total RNA virus diekstraksi dan ditranskripsi balik, diikuti oleh amplifikasi nested PCR yang menargetkan daerah yang dilestarikan. Kemurnian dan konsentrasi DNA dinilai menggunakan uji NanoDrop dan Qubit. Sampel yang memenuhi ambang batas input diberi kode batang dan diurutkan pada platform GridION menggunakan kit SQK-NBD114.24. Urutan konsensus dihasilkan menggunakan Canu, Racon, dan Medaka, dan dianalisis dengan Stanford HIV Drug Resistance Database dan panel Kendali Mutu (QC) WHO untuk menentukan profil resistensi dan akurasi sekuensing. Protokol amplifikasi berhasil menghasilkan konsentrasi cDNA yang memadai pada semua sampel, yang mengonfirmasi kesesuaiannya untuk kondisi input rendah. Meskipun keluaran sekuensing Nanopore memiliki skor Q rata-rata yang rendah (~7,78), sembilan dari sepuluh sampel mencapai nilai cakupan yang tinggi, menunjukkan bahwa kedalaman baca yang tinggi dapat mengkompensasi akurasi basecalling yang lebih rendah. Mutasi resistensi berhasil diidentifikasi pada beberapa sampel, mendukung kelayakan pendekatan ini untuk genotipe resistensi pada kasus viral load rendah. Temuan ini menunjukkan bahwa, dengan optimalisasi yang tepat pada langkah amplifikasi dan persiapan perpustakaan, pengurutan Nanopore merupakan alat yang menjanjikan untuk pemantauan resistansi obat HIV rutin di lingkungan dengan sumber daya terbatas atau kondisi pengobatan dini.

Actions (login required)

View Item