JAYANTI, Indhira Dwi (2025) Optimasi Teknologi Nanopore Sequencing Untuk Deteksi Genom Virus Hiv Pada Spesimen Plasma Dengan Viral Load Rna Lebih Dari 10.000 Copies/Ml. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (COVER) COVER-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Download (181kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (942kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Download (303kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only until 28 July 2026. Download (400kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Restricted to Registered users only until 28 July 2026. Download (463kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only until 28 July 2026. Download (920kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)
	PDF (BabV) BAB-V-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Download (240kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Download (368kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Indhira Dwi Jayanti-B1A021040-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)

Abstract

Infeksi HIV yang terus meningkat di Indonesia mendorong pengembangan resistensi obat antiretroviral (ARV) yang lebih sensitif. Deteksi resistensi HIV-1 terhadap ARV dianggap penting karena kegagalan terapi sering kali disebabkan oleh keberadaan varian virus yang tidak terdeteksi melalui metode konvensional. Teknologi Next Generation Sequencing (NGS) berbasis Oxford Nanopore Technologies (ONT) dikembangkan sebagai metode yang lebih akurat dalam mendeteksi genom virus HIV penyebab resistensi, khususnya pada spesimen plasma dengan viral load RNA >10.000 copies/ml. Penerapan ONT diharapkan dapat meningkatkan ketepatan deteksi resistensi dan mendukung strategi pengobatan HIV yang lebih terpersonalisasi. Penelitian dilaksanakan di RSPI Sulianti Saroso selama enam bulan dengan pendekatan deskriptif dan rancangan cross-sectional. Sampel plasma dari sepuluh pasien HIV-1 dengan viral load tinggi diproses melalui tahapan ekstraksi RNA, amplifikasi RT-PCR dan Nested PCR, serta validasi konsentrasi dan kemurnian asam nukleat menggunakan NanoDrop dan Qubit. DNA hasil purifikasi dipersiapkan untuk library preparation dan sequencing menggunakan perangkat GridION. Hasil basecalling disimpan dalam format FASTQ dan dianalisis berdasarkan quality score dan coverage menggunakan perangkat lunak MinKNOW. Evaluasi keberhasilan sequencing dilakukan melalui parameter Qscore (quality score) dan kedalaman pembacaan (coverage). Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua sampel berhasil diamplifikasi, dengan konsentrasi DNA yang cukup tinggi dan rasio kemurnian yang mendekati standar, terutama pada produk Nested PCR. Rata-rata Q score sebesar 8,1 masih berada di bawah ambang batas minimum ≥9, namun nilai coverage mencapai rata-rata 1435×, bahkan pada beberapa sampel lebih dari 3000×. Meskipun kualitas basecalling belum optimal, tingginya coverage memungkinkan koreksi kesalahan dan pembentukan konsensus sekuens dilakukan cukup akurat. Deteksi mutasi resistensi HIV dapat dianalisis lebih lanjut menggunakan WHO HIV Drug Resistance Quality Control Tool (WHOQC) serta interpretasi mutasi resistensi dapat dilakukan menggunakan platform Stanford HIV Drug Resistance Database (HIVdb). Dengan demikian, penggunaan ONT dianggap layak untuk mendeteksi genom virus HIV.

Actions (login required)

View Item