NABILAH, Khansa (2025) Aplikasi Multiplexing PCR Berbasis Marka SSR untuk Seleksi Karakter Kandungan Antosianin dan Aromatik pada Tanaman Padi. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Download (193kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (383kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Download (200kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only until 22 August 2026. Download (190kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only until 22 August 2026. Download (578kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only until 22 August 2026. Download (256kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (792kB)
	PDF (BabV) BAB-V-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Download (178kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Download (229kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Khansa Nabilah-A1D021168-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (166kB)

Abstract

Tanaman padi (Oryza sativa L.) merupakan komoditas yang berperan krusial dalam ketahanan pangan nasional. Varietas padi dengan karakteristik aromatik dan kandungan antosianin semakin diminati karena nilai ekonomi dan manfaat kesehatannya yang tinggi. Namun, identifikasi dan seleksi untuk sifat-sifat tersebut masih memerlukan metode yang lebih efisien. Salah satu pendekatan alternatif adalah teknologi multiplexing PCR berbasis penanda SSR, yang mampu mendeteksi simultan dua sifat genetik. Penelitian ini bertujuan untuk menguji penerapan PCR multipleks berbasis penanda SSR sebagai alat seleksi molekuler untuk sifat antosianin dan aromatik, serta untuk menentukan hubungan antara hasil amplifikasi molekuler dan sifat fenotipik tanaman padi yang diamati. Penelitian dilakukan di Laboratorium Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman dan Laboratorium Penelitian Terpadu Universitas Jenderal Soedirman dari Juli 2024 hingga Mei 2025. Sampel yang digunakan terdiri dari 8 genotipe padi dengan kombinasi sifat antosianin dan aromatik, yaitu Jeliteng, Pandan Wangi, Padi Hitam Lokal (PWR), Basmati Pakistan, Logawa, PHMW 482-1-4, PHMW 482-9-134, dan PHMW 487-24-8. Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan metode CTAB, dilanjutkan dengan pengujian kualitas dan kuantitas DNA menggunakan spektrofotometri dan elektroforesis gel agarosa. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan metode PCR untai tunggal dan PCR multipleks dengan dua penanda SSR: RM336 untuk antosianin dan RM515 untuk aromatik. Data hasil amplifikasi dianalisis keberadaan, jumlah, dan ukuran pita DNA, kemudian dibandingkan dengan data fenotipe masing-masing genotipe untuk menentukan asosiasinya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teknik multiplexing PCR mampu mendeteksi sifat antosianin dan aromatik secara simultan dalam satu reaksi, dengan sebagian besar genotipe menunjukkan kesesuaian yang baik antara data molekuler dan fenotipiknya. Penanda RM336 efektif dalam mengidentifikasi genotipe berpigmen dan tidak berpigmen, sedangkan RM515 mampu membedakan beras aromatik dan non-aromatik berdasarkan ukuran pita. Data hasil amplifikasi DNA dikonversi menjadi data biner dan dianalisis menggunakan Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) untuk membentuk pohon filogenetik. Dendogram menunjukkan bahwa pengelompokan genotipe yang selaras dengan karakter fenotipik, seperti Pandan Wangi dan Basmati Pakistan yang berada dalam klaster padi aromatik tetapi non-antosianin, serta Galur 1 dan 2 yang menunjukkan kedekatan genetik yang identik yaitu padi berpigmen. Sementara itu, genotipe Jeliteng memiliki posisi unik sebagai satu-satunya genotipe dengan karakter aromatik sekaligus antosianin. Pola pengelompokan ini mencerminkan hubungan kekerabatan berdasarkan kemunculan pita dan fenotipenya, sekaligus memperkuat efektivitas metode PCR multipleks sebagai alat seleksi dan analisis kekerabatan molekuler.

Actions (login required)

View Item