PUTRI, Cikal Lintang (2026) Deteksi Kontaminasi Escherichia coli pada Buah-Buahan di Kota Bogor: Studi Komparasi Metode qPCR dan Culture Based Method. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER_Cikal Lintang Putri_B1A022003.pdf Download (318kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS_Cikal Lintang Putri_B1A022003_Skripsi_2026.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK_Cikal Lintang Putri_B1A022003_Skripsi_2026.pdf Download (116kB)
	PDF (BabI) BAB I_Cikal Lintang Putri_B1A022003_Skripsi_2026.pdf Restricted to Repository staff only until 13 May 2027. Download (1MB)
	PDF (BabII) BAB II_Cikal Lintang Putri_B1A022003_Skripsi_2026.pdf Restricted to Repository staff only until 13 May 2027. Download (146kB)
	PDF (BabIII) BAB III_Cikal Lintang Putri_B1A022003_Skripsi_2026.pdf Restricted to Repository staff only until 13 May 2027. Download (585kB)
	PDF (BabIV) BAB IV_Cikal Lintang Putri_B1A022003_Skripsi_2026.pdf Restricted to Repository staff only Download (554kB)
	PDF (BabV) BAB V_Cikal Lintang Putri_B1A022003_Skripsi_2026.pdf Download (40kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA_Cikal Lintang Putri_B1A022003_Skripsi_2026.pdf Download (190kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN_Cikal Lintang Putri_B1A022003_Skripsi_2026.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)

Abstract

Buah-buahan yang dikonsumsi secara segar memiliki potensi tinggi terkontaminasi mikroorganisme patogen, salah satunya Escherichia coli sebagai indikator pencemaran fekal. Deteksi E. coli secara konvensional umumnya dilakukan menggunakan metode culture-based sesuai ISO 7251:2012. Metode ini telah diakui secara internasional, namun memiliki keterbatasan berupa waktu analisis yang relatif lama serta potensi terjadinya kontaminasi silang akibat banyaknya tahapan kultur. Seiring perkembangan teknologi, metode Polymerase Chain Reaction (PCR), khususnya real-time PCR (qPCR) dapat digunakan sebagai alternatif deteksi yang lebih cepat dan sensitif. qPCR memungkinkan amplifikasi dan deteksi DNA secara simultan melalui sinyal fluoresensi, seperti SYBR Green yang berikatan dengan DNA untai ganda. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan sensitivitas metode culture-based dan qPCR dalam mendeteksi E. coli, menentukan waktu inkubasi minimum yang diperlukan untuk memperoleh deteksi yang akurat, serta mengidentifikasi keberadaan kontaminasi E. coli pada buah-buahan di Kota Bogor. Penelitian dilakukan dalam dua tahap, yaitu komparasi metode dan surveillance. Pada tahap komparasi, sampel buah steril diinokulasi Escherichia coli ATCC 11775T dengan tingkat kontaminasi rendah (1–10 CFU/mL), kemudian dilakukan proses pengayaan pada waktu 2, 4, dan 6 jam. Deteksi dilakukan menggunakan metode culture-based sesuai ISO 7251:2012 serta metode qPCR berbasis SYBR dengan target gen phoA. Tahap surveillance dilakukan pada sampel buah yang diperoleh dari 10 titik di Kota Bogor. Analisis data dilakukan secara deskriptif untuk membandingkan hasil deteksi, serta menggunakan uji Cohen’s Kappa untuk menilai tingkat kesesuaian antara kedua metode. Hasil penelitian menunjukkan adanya tingkat kesesuaian antara metode qPCR dan culture-based method dalam mendeteksi Escherichia coli. Waktu inkubasi minimum yang diperlukan untuk mendeteksi E. coli menggunakan kedua metode tersebut adalah 6 jam. Pada waktu inkubasi tersebut, metode qPCR menunjukkan sensitivitas yang lebih tinggi dibandingkan metode kultur, dengan seluruh sampel terdeteksi positif berdasarkan nilai Ct < 45. Hasil surveillance terhadap sampel buah-buahan yang diperoleh dari 10 titik di Kota Bogor menunjukkan bahwa seluruh sampel tidak terdeteksi mengandung E. coli.

Item Type:	Thesis (Skripsi)
Nomor Inventaris:	B26027
Uncontrolled Keywords:	Escherichia coli, komparasi, metode kultur, qPCR, keamanan pangan
Subjects:	B > B8 Bacteria
Divisions:	Fakultas Biologi > S1 Biologi
Depositing User:	Mrs. Cikal Lintang Putri
Date Deposited:	13 May 2026 07:03
Last Modified:	13 May 2026 07:03
URI:	http://repository.unsoed.ac.id:443/id/eprint/41210

Actions (login required)

View Item