AKHIDAH, Anggun Ismi (2024) Perancangan Primer untuk Mendeteksi Gen E (Envelope) Virus Dengue menggunakan Metode RT-PCR. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Download (153kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only Download (474kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Download (235kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only until 30 July 2025. Download (241kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only until 30 July 2025. Download (240kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only until 30 July 2025. Download (531kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only Download (911kB)
	PDF (BabV) BAB-V-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Download (230kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Download (262kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Anggun Ismi Akhidah-B1A019042-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only Download (873kB)

Abstract

Virus dengue (DENV) merupakan virus penyebab demam berdarah dengue (DBD) yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes aegypti. Penyakit DBD merupakan salah satu ancaman kesehatan bagi masyarakat global. Gejala klinis yang ditimbulkan oleh infeksi DENV seringkali tidak spesifik sehingga membutuhkan pemeriksaan laboratorium sebagai penunjang diagnosis. Pemeriksaan secara molekuler menggunakan metode RT-PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi dini pada infeksi DENV karena dapat mendeteksi DENV pada fase awal infeksi. Gen penyandi protein E pada DENV memiliki cukup banyak bagian lestari yang membedakannya dari virus lainnya sehingga dapat digunakan sebagai bahan perancangan primer untuk mendeteksi DENV. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui rancangan primer dari gen E yang dapat digunakan untuk mendeteksi DENV. Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Molekuler Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman dan Balai Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Banjarnegara. Perancangan primer dilakukan menggunakan 40 sekuen whole genome dari GenBank yang dianalisis secara in silico menggunakan aplikasi Oligoanalyzer, NCBI BLASTn, dan SnapGene. Primer rancangan kemudian diaplikasikan pada sampel positif pasien infeksi DENV menggunakan metode RT-PCR. Efektivitas primer hasil rancangan diukur berdasarkan keberadaan pita gen E hasil dari amplifikasi. Hasil penelitian di analisis menggunakan uji Cohen’s Kappa. Perancangan primer secara in sillico menghasilkan sepasang primer, yaitu primer EF-1231 dengan sekuen 5’AGGCTGGGGAAAYGGYTGTG’3 dan primer ER-2187 dengan sekuen 5’CCACCCACTGATCCRAARTCCC’3. Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 5 dari 10 sampel terdeteksi positif pada screening menggunakan metode RT-qPCR. Kesesuaian hasil pemeriksaan dengan metode RT-PCR konvensional menggunakan primer hasil rancangan terhadap hasil screening dengan metode RT-qPCR, yaitu sebesar 80%. Nilai koefisien Cohen’s Kappa antara metode RT-qPCR dengan RT-PCR sebesar 0,60 (moderate agreement) yang menunjukkan adanya kesesuaian yang cukup baik antara kedua metode tersebut.

Actions (login required)

View Item