LESTARI, Fikasya Cahya (2025) Identifikasi dan Seleksi Genotipe Padi Aromatik Berbasis Marka Fungsional dengan Teknologi Multiplexing PCR. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Download (100kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (869kB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Download (130kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (134kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (182kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (184kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (187kB)
	PDF (BabV) BAB-V-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Download (60kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Download (209kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Fikasya Cahya Lestari-A1D021184-Skripsi-2025.pdf Restricted to Repository staff only Download (341kB)

Abstract

Beras aromatik merupakan komoditas pangan strategis dengan nilai ekonomi tinggi karena mengandung senyawa volatil utama berupa 2-acetyl-1-pyrroline (2AP). Senyawa ini meningkatkan daya saing produk di pasar domestik maupun internasional karena menjadi penentu mutu yang disukai konsumen. Namun, keterbatasan informasi genetik mengenai gen pengendali sifat aroma, terutama pada varietas lokal, masih menjadi hambatan signifikan dalam program pemuliaan padi. Salah satu solusi untuk menjawab tantangan tersebut dengan pendekatan bioteknologi berbasis marka fungsional. Salah satu teknik molekuler yang terbukti efisien adalah multiplex PCR yang mampu mengamplifikasi beberapa target gen secara simultan dalam satu reaksi. Keunggulan teknik ini terletak pada efisiensi waktu dan penggunaan reagen yang minimal. Marka Bradbury dan Badex7-5 telah divalidasi secara ilmiah sebagai penanda molekuler yang akurat untuk mendeteksi alel badh2, gen utama dalam lintasan biosintetik pembentuk aroma 2AP pada padi aromatik. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Bioteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Jenderal Soedirman, selama periode Juli hingga Desember 2024. Sebanyak 14 genotipe padi diuji untuk mengetahui karakter genetik aromatiknya menggunakan teknik multiplex PCR dengan primer Bradbury. Proses ekstraksi DNA dilakukan menggunakan metode CTAB yang telah terstandarisasi, kemudian dilanjutkan dengan tahap amplifikasi menggunakan alat thermal cycler. Produk PCR yang dihasilkan dianalisis melalui elektroforesis gel agarosa 2% untuk memvisualisasikan pola pita DNA yang terbentuk. Penelitian ini menegaskan kembali efektivitas primer Badex7-5 dan Bradbury dalam membedakan genotipe padi aromatik dan non-aromatik melalui metode single PCR dan multiplex PCR. Kemunculan pita DNA berukuran 585/257 bp menunjukkan alel aromatik homozigot, sedangkan pita 585/355 bp mengindikasikan genotipe non-aromatik. Beberapa genotipe seperti Pandan Wangi, Jeliteng, dan Basmati Original yang secara fenotipik tergolong aromatik, justru menunjukkan profil molekuler non-aromatik berdasarkan hasil PCR. Ketidaksesuaian tersebut diperkirakan disebabkan oleh adanya delesi 4 bp pada gen badh1 atau adanya variasi mutasi lain di luar daerah target primer Bradbury. Temuan ini menunjukkan bahwa penggunaan satu jenis marka molekuler belum cukup untuk mendeteksi sifat aromatik secara menyeluruh. Penggunaan teknik lanjutan seperti SNP dan qRT-PCR sangat disarankan untuk mengungkap variasi alel tersembunyi serta mengonfirmasi ekspresi gen secara lebih mendalam. Hasil penelitian ini memberikan kontribusi penting dalam pengembangan metode seleksi berbantuan marka (Marker-Assisted Selection/MAS) dan memperkuat strategi pemuliaan padi aromatik secara lebih efisien dan presisi. Penelitian ini juga menjadi rujukan penting dalam mengatasi ketidaksesuaian antara data fenotipik dan molekuler pada varietas lokal. Dengan demikian, teknologi PCR berbasis marka fungsional dapat diintegrasikan dalam skema pemuliaan modern yang berorientasi pada mutu aroma.

Actions (login required)

View Item