RAHMAH, Aulia (2024) Penggunaan Marka Molekuler trnT(UGU) - trnL(UAA) untuk Mendeteksi Perbedaan Genetik Beberapa Kultivar Tanaman Tapak Dara [Catharanthus roseus (L.) G. Don]. Skripsi thesis, Universitas Jenderal Soedirman.

	PDF (Cover) COVER-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Download (202kB)
	PDF (Legalitas) LEGALITAS-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)
	PDF (Abstrak) ABSTRAK-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Download (237kB)
	PDF (BabI) BAB-I-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only until 13 February 2025. Download (239kB)
	PDF (BabII) BAB-II-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only until 13 February 2025. Download (309kB)
	PDF (BabIII) BAB-III-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only until 13 February 2025. Download (481kB)
	PDF (BabIV) BAB-IV-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)
	PDF (BabV) BAB-V-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Download (229kB)
	PDF (DaftarPustaka) DAFTAR PUSTAKA-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Download (364kB)
	PDF (Lampiran) LAMPIRAN-Aulia Rahmah-B1A020100-Skripsi-2024.pdf Restricted to Repository staff only Download (1MB)

Abstract

Tapak dara [Catharanthus roseus (L.) G. Don] merupakan salah satu anggota Familia Apocynaceae yang berasal dari Pulau Madagaskar. C. roseus pada umumnya dimanfaatkan sebagai tanaman hias dan juga tanaman obat. Saat ini dikenal sejumlah kultivar C. roseus, yang mendorong perlunya dilakukan analisis perbedaan genetik di antara beberapa kultivar tersebut menggunakan marka molekuler tertentu. Hal ini karena karakterisasi fenotipik kurang akurat dalam merepresentasikan keanekaragaman yang ada di antara kultivar-kultivar suatu spesies tanaman. Oleh karena itu, akan dilakukan penelitian dengan tujuan untuk mengetahui ada tidaknya perbedaan genetik di antara beberapa kultivar C. roseus berdasarkan sekuen IGS trnT(UGU)-trnL(UAA) dan hubungan filogenetik di antara beberapa kultivar C. roseus berdasarkan penanda molekuler tersebut. IGS trnT(UGU)-trnL(UAA) merupakan daerah non-coding pada genom kloroplas dan diketahui memiliki laju evolusi yang tinggi sehingga sesuai untuk digunakan dalam analisis keanekaragaman pada tingkatan taksa yang rendah. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika dan Molekuler serta Laboratorium Pengajaran III Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman menggunakan 10 sampel C. roseus yang mewakili beberapa kultivar C. roseus yang berbeda. DNA genomik diekstraksi dari masing-masing sampel tersebut menggunakan metode CTAB untuk selanjutnya digunakan sebagai templat PCR untuk mengamplifikasi IGS trnT(UGU)-trnL(UAA). Produk amplifikasi yang diperoleh kemudian ditentukan sekuen basanya menggunakan metode dideoksi yang diotomatisasi. Hasil sekuensing disunting menggunakan piranti lunak BioEdit versi 7.0.4.1 dan diperiksa secara manual. Penjajaran sekuen dilakukan menggunakan Program ClustalW, yang juga diimplementasikan dalam piranti lunak Bioedit versi 7.0.4.1. Untuk memastikan kebenaran sekuen yang diperoleh sebagai IGS trnT(UGU)-trnL(UAA) dilakukan perbandingan dengan data sekuen yang ada di pangkalan data NCBI. Dendogram hubungan filogenetik antarhaplotipe kultivar C. roseus dikonstruksi menggunakan analisis Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, dan UPGMA yang diimplementasikan dalam Program MEGA versi 11. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sekuen IGS trnT(UGU)-trnL(UAA) pada beberapa kultivar C. roseus memperlihatkan ukuran yang bervariasi dan semuanya memiliki tingkat similaritas yang tinggi dengan sekuen genom kloroplas C. roseus kultivar Pacifica Halo yang ada di pangkalan data NCBI. Hasil penjajaran sekuen menunjukkan adanya perbedaan genetik pada beberapa kultivar C. roseus berupa subtitusi basa dan insersi-delesi. Konstruksi pohon filogenetik menunjukkan adanya hubungan kekerabatan genetik yang dekat di antara seluruh kultivar C. roseus.

Actions (login required)

View Item